import sys;sys.path.append('d:/code/pywfn')

分子性质

计算分子整体的性质

所有的分子性质的计算器都包含在pywfn.moleprop子包下，其中每一个模块封装了一种类型的分子性质计算器

其包含的模块有

• aromacity 分子芳香性

emm，目前也就只包含计算芳香性 (lll￢ω￢)

每个模块下都有一个Calculator类，实例化时传入要计算的分子即可

芳香性

π 键级标准差

使用π键级的标准差来简单衡量分子的芳香性、标准差越小，表明键级分布越均匀，表明芳香性越好

示例代码

下面代码以苯环为例，可以看到6根键的键级都一样，因此标准差很小，芳香性也很好

from pywfn.base import Mole
from pywfn.reader import LogReader
from pywfn.moleprop import aromacity

mol=Mole(LogReader(rf"./mols/C6H6.out"))
caler=aromacity.Calculator(mol)
caler.pisd()

 1- 2:    0.6606
 1- 6:    0.6606
 2- 3:    0.6606
 3- 4:    0.6606
 4- 5:    0.6606
 5- 6:    0.6606





3.534736618082012e-06

# 也可以手动指定需要计算的环，方便与NICS对比
caler.pisd(ring=[1,2,3,4,5,6])

 1- 2:    0.6606
 1- 6:    0.6606
 2- 3:    0.6606
 3- 4:    0.6606
 4- 5:    0.6606
 5- 6:    0.6606





3.534736618082012e-06

π键级的平均值与标准差

使用pi键级的平均值与标准差共同衡量芳香性

$$\alpha \times Mean(orders)+(1-\alpha )\times SD(orders)$$

其中α为混合系数，默认值为0.5，可以自己调节

该方法通过引入π键级的平均值与可调节参数提升了方法的复杂性，当α=0时与只使用标准差一样

示例代码

from pywfn.base import Mole
from pywfn.reader import LogReader
from pywfn.moleprop import aromacity

mol=Mole(LogReader(rf"./mols/C6H6.out"))
caler=aromacity.Calculator(mol)
caler.pimsd()

 1- 2:    0.6606
 1- 6:    0.6606
 2- 3:    0.6606
 3- 4:    0.6606
 4- 5:    0.6606
 5- 6:    0.6606





0.3302794169361899

MOMER

Cite this: Phys. Chem. Chem. Phys., 2023, 25, 16763

计算公式

$$HOMER=1-\frac{{\alpha }_{XY}}{n}\sum _i(R_{XY,i}-R_{XY,opt}{)}^2$$

其中X,Y是两种键的类型， ${\alpha }_{XY}$，$R_{XY,i}$ 是与键类型相关的参数

示例代码

from pywfn.base import Mole
from pywfn.reader import LogReader
from pywfn.moleprop import aromacity

mol=Mole(LogReader(rf"./mols/C6H6.out"))
caler=aromacity.Calculator(mol)
rings=[
    [1,2,3,4,5,6]
]
caler.HOMER(rings)

[-0.20489206922551273]